Do roku 1470 zamek pozostawał w rękach potomków Rudygera, a następnie stał się własnością komesa spiskiego Emeryka Zapolyi, żupana spiskiego, dziadka Barbary, królowej polskiej, pierwszej żony Zygmunta Starego. Wnuk jego brata, Jan Zápolya, hrabia spiski i wojewoda siedmiogrodzki, został w 1526 r. królem węgierskim. Zwycięstwo w walce o tron zawdzięczał on w dużej mierze dyplomacji Hieronima Łaskiego, któremu w dowód wdzięczności w 1528 r. darował żupanat spiski z Kieżmarkiem, Gelnicą i kluczem dunajeckim wraz z Niedzicą.

Przez 60 lat zamek był w posiadaniu Łaskich: Hieronima, a później jego syna Olbrachta. Znany z hulaszczego trybu życia Olbracht Łaski zamek najpierw zastawił, a później sprzedał Jerzemu Horváthowi, który starannie go odbudował, przekształcając przy okazji w okazałą renesansową rezydencję (w znacznej części w takiej postaci zachował się po dziś dzień). W 1858 zamek przejął kolejny węgierski ród – Salamonowie.

Po zakończeniu I wojny światowej zamek znalazł się na terytorium Polski. Własnością Salamonów pozostawał aż do 1945 roku. Istotny fakt z tego okresu to zachowanie w dobrach zamkowych aż do 1931 roku (najdłużej w Europie) szczątkowych form pańszczyzny. Od 1948 prowadzono na zamku prace restauracyjne i częściową odbudowę. W części pomieszczeń utworzono dom pracy twórczej Stowarzyszenia Historyków Sztuki, inne udostępniono do zwiedzania, tworząc muzeum wnętrz i historii regionu spiskiego. W 1960 w baszcie urządzono stację sejsmologiczną Zakładu Geofizyki PAN.

Jedną z najbardziej tajemniczych kart w historii zamku jest odnalezione, podobno tuż po II wojnie światowej, inkaskie kipu – rodzaj zapisu informacji pismem węzełkowym, które zawiera ponoć informacje o ukrytym skarbie.

Zamek niedzicki był plenerem wielu filmów. Od marca 1955 r. kręcono tutaj zdjęcia do filmu Zemsta na podstawie komedii Aleksandra Fredry z 16-letnią Beatą Tyszkiewicz w roli Klary. W 1975 r. powstał na zamku film Mazepa, zrealizowany na podstawie dramatu Juliusza Słowackiego. Zamek był również miejscem realizacji zdjęć m.in. do seriali telewizyjnych Janosik oraz Wakacje z duchami. Obiekt jest również miejscem akcji w książce przygodowej Agi Paszkot Ciotka, licho i niedzickie zamczycho. W 2011 roku był też siódmym postojem w The Amazing Race Australia 2.

Dzisiaj zamek spełnia funkcje muzealno-hotelowo-gastronomiczne, będąc jedną z największych atrakcji historycznych południowej części województwa małopolskiego. Do zamku prowadzi „aleja”. Za bramą wejściową i sieniąznajduje się dziedziniec zamku dolnego. W obrębie tej części zamku mieszczą się pokoje gościnne, kawiarnia, a w dawnej sali balowej restauracja. W części muzealnej można zobaczyć tzw. komnaty Salamonów, wyposażone w przedmioty z XVI – XIX w. Drewniane schody prowadzą na taras widokowy. Przez kolejną bramę wiedzie wejście do zamku górnego i do zamkowych lochów, które służyły jako piwnice, a także jako więzienie (obecnie urządzono tu tzw. izbę tortur). Na skraju dziedzińca zamku górnego znajduje się studnia wykuta w litej wapiennej skale o głębokości ponad 60 m. W tzw. Izbach Pańskich na zamku górnym zobaczyć można: salę myśliwską, izbę żupną i izbę straży.

Po przeciwległej stronie Dunajca nad skarpą jeziora wznoszą się ruiny zamku w Czorsztynie.